Омикрон-вариант SARS-CoV-2 и Спутник V
Центр Гамалеи опубликовал данные о падении нейтрализации в 11,8 раза с омикрон-вариантом коронавируса SARS-CoV-2 для вакцины Спутник V.
Незадолго до этого центр Гамалеи выпустил пресс-релиз [2], где обвинил авторов исследования «Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift» [3] в намеренном («deliberately») использовании нерепрезентативных сывороток (нам не удалось обнаружить признаков намеренного искажения данных – какие сыворотки были, такие и взяли).
При этом опубликованные данные о нейтрализации ЦПД (цитопатического действия) вируса сывороткой плазмы иммунизированных Спутником V как раз содержат пример манипуляции данными: на представленной иллюстрации [4] титр нейтрализации для каждой вакцины выровнен по отметке 100%, хотя очевидно, что он будет разным для каждой вакцины (здесь можно было бы использовать violin plot вместо bar chart для того, чтобы отобразить реальные данные).
Представленные на другой иллюстрации [5] данные (можно взять за условную отсечку нейтрализацию 1:16) говорят о том, что по нейтрализации и длительности иммунитета Спутник V можно считать, вероятно, находящимся в одной категории с мРНК-вакцинами.
Гипотеза о том, что неиспользование пролинов вызывает меньшее падение в нейтрализации, вызывает всё большие сомнения, поскольку в исследовании [3] мы не видим подобной картины у вакцины AstraZeneca Vaxzevria/Covishield, которая содержит код «дикого» варианта S-белка.
Подобные пресс-релизы вызывают крайнюю озабоченность и не вызывают доверия, в особенности по сравнению с пресс-релизами компании Moderna, честно признавшими необходимость создания специфического для омикрон-варианта буста [6].
1. https://twitter.com/i/broadcasts/1lDGLLEnAEZGm
2. https://sputnikvaccine.com/newsroom/pressreleases/the-gamaleya-center-statement-omicron/
3. Elisabetta Cameroni et al, Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.12.472269v1.full
4. https://twitter.com/sputnikvaccine/status/1471857926155419648/photo/1
5. https://twitter.com/sputnikvaccine/status/1471812455517011973/photo/1
6. Moderna announces strategy to address Omicron (B.1.1.529) SARS-COV-2 Variant, https://investors.modernatx.com/news/news-details/2021/Moderna-Announces-Strategy-to-Address-Omicron-B.1.1.529-SARS-CoV-2-Variant/default.aspx
Центр Гамалеи опубликовал данные о падении нейтрализации в 11,8 раза с омикрон-вариантом коронавируса SARS-CoV-2 для вакцины Спутник V.
Незадолго до этого центр Гамалеи выпустил пресс-релиз [2], где обвинил авторов исследования «Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift» [3] в намеренном («deliberately») использовании нерепрезентативных сывороток (нам не удалось обнаружить признаков намеренного искажения данных – какие сыворотки были, такие и взяли).
При этом опубликованные данные о нейтрализации ЦПД (цитопатического действия) вируса сывороткой плазмы иммунизированных Спутником V как раз содержат пример манипуляции данными: на представленной иллюстрации [4] титр нейтрализации для каждой вакцины выровнен по отметке 100%, хотя очевидно, что он будет разным для каждой вакцины (здесь можно было бы использовать violin plot вместо bar chart для того, чтобы отобразить реальные данные).
Представленные на другой иллюстрации [5] данные (можно взять за условную отсечку нейтрализацию 1:16) говорят о том, что по нейтрализации и длительности иммунитета Спутник V можно считать, вероятно, находящимся в одной категории с мРНК-вакцинами.
Гипотеза о том, что неиспользование пролинов вызывает меньшее падение в нейтрализации, вызывает всё большие сомнения, поскольку в исследовании [3] мы не видим подобной картины у вакцины AstraZeneca Vaxzevria/Covishield, которая содержит код «дикого» варианта S-белка.
Подобные пресс-релизы вызывают крайнюю озабоченность и не вызывают доверия, в особенности по сравнению с пресс-релизами компании Moderna, честно признавшими необходимость создания специфического для омикрон-варианта буста [6].
1. https://twitter.com/i/broadcasts/1lDGLLEnAEZGm
2. https://sputnikvaccine.com/newsroom/pressreleases/the-gamaleya-center-statement-omicron/
3. Elisabetta Cameroni et al, Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.12.472269v1.full
4. https://twitter.com/sputnikvaccine/status/1471857926155419648/photo/1
5. https://twitter.com/sputnikvaccine/status/1471812455517011973/photo/1
6. Moderna announces strategy to address Omicron (B.1.1.529) SARS-COV-2 Variant, https://investors.modernatx.com/news/news-details/2021/Moderna-Announces-Strategy-to-Address-Omicron-B.1.1.529-SARS-CoV-2-Variant/default.aspx
Падение титра нейтрализации ЦПД вируса SARS-CoV-2, омикрон-вариант
1. https://twitter.com/sputnikvaccine/status/1471812455517011973/photo/1
2. Elisabetta Cameroni et al, Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.12.472269v1.full
1. https://twitter.com/sputnikvaccine/status/1471812455517011973/photo/1
2. Elisabetta Cameroni et al, Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.12.472269v1.full
Омикрон-вариант, падение титра нейтрализации, центр Гамалеи
Вернёмся к теме ранее рассмотренного [1] нам пресс-релиза центра Гамалеи [2], где авторов исследования [3] обвинили в намеренном использовании нерепрезентативных сывороток.
Если мы внимательно сравним графики в постановках нейтрализации цитопатического действия вируса, выполненные командами Elisabetta Cameroni et al и центра Гамалеи [3,4], можно обнаружить, что данные центра Гамалеи располагаются строго по степеням двойки, а падение титра нейтрализации с омикрон-вариантом в 11,8 раза, вероятно, является средним значением (здесь применимо среднее геометрическое). Для удобства сравнения мы разместили графики на отдельной иллюстрации [5].
Расположение значений по степеням двойки говорит о том, что за значение титра взяли одно конкретное разведение. Погрешность в этом случае крайне велика, рекомендуется использовать более точные методы (как, например, описанный нами ранее метод Спирмена-Кербера [6]).
Таким образом, в представленном сравнении вакцин использовалось не только сравнение относительного падения титра нейтрализации [1] вместо абсолютных значений, но применялось ещё и некорректное сравнение более точных данных по падению нейтрализации сывороткой плазмы иммунизированных вакцинами BioNTech/Pfizer Comirnaty и Moderna Spikevax с гораздо менее точными данными, представленными центром Гамалеи.
Повторим, что, несмотря на то, что Спутник V, безусловно, является весьма эффективной вакциной, подобные пресс-релизы крайне негативно сказываются на репутации как центра Гамалеи, вакцины Спутник V, так и на всей прививочной кампании в целом.
1. https://t.me/vaccines_truth/40
2. https://sputnikvaccine.com/newsroom/pressreleases/the-gamaleya-center-statement-omicron/
3. Elisabetta Cameroni et al, Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.12.472269v1.full
4. https://twitter.com/sputnikvaccine/status/1471812455517011973/photo/1
5. https://t.me/vaccines_truth/41
6. https://t.me/vaccines_truth/17
Вернёмся к теме ранее рассмотренного [1] нам пресс-релиза центра Гамалеи [2], где авторов исследования [3] обвинили в намеренном использовании нерепрезентативных сывороток.
Если мы внимательно сравним графики в постановках нейтрализации цитопатического действия вируса, выполненные командами Elisabetta Cameroni et al и центра Гамалеи [3,4], можно обнаружить, что данные центра Гамалеи располагаются строго по степеням двойки, а падение титра нейтрализации с омикрон-вариантом в 11,8 раза, вероятно, является средним значением (здесь применимо среднее геометрическое). Для удобства сравнения мы разместили графики на отдельной иллюстрации [5].
Расположение значений по степеням двойки говорит о том, что за значение титра взяли одно конкретное разведение. Погрешность в этом случае крайне велика, рекомендуется использовать более точные методы (как, например, описанный нами ранее метод Спирмена-Кербера [6]).
Таким образом, в представленном сравнении вакцин использовалось не только сравнение относительного падения титра нейтрализации [1] вместо абсолютных значений, но применялось ещё и некорректное сравнение более точных данных по падению нейтрализации сывороткой плазмы иммунизированных вакцинами BioNTech/Pfizer Comirnaty и Moderna Spikevax с гораздо менее точными данными, представленными центром Гамалеи.
Повторим, что, несмотря на то, что Спутник V, безусловно, является весьма эффективной вакциной, подобные пресс-релизы крайне негативно сказываются на репутации как центра Гамалеи, вакцины Спутник V, так и на всей прививочной кампании в целом.
1. https://t.me/vaccines_truth/40
2. https://sputnikvaccine.com/newsroom/pressreleases/the-gamaleya-center-statement-omicron/
3. Elisabetta Cameroni et al, Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.12.472269v1.full
4. https://twitter.com/sputnikvaccine/status/1471812455517011973/photo/1
5. https://t.me/vaccines_truth/41
6. https://t.me/vaccines_truth/17
Омикрон – новый серотип?
Внимательно изучив данные по нейтрализации ЦПД омикрон-варианта [1], мы обратили внимание на возможность отделения омикрон-варианта в отдельный серотип (такие предположения уже делались [2]).
В настоящее время об этом рано говорить определённо, нужно показать следующее:
– существенное падение нейтрализации ЦПД омикрон-варианта сывороткой плазмы вакцинированных/реконвалесцентов (выполнено как минимум частично, однако нейтрализация всё ещё остаётся значительной с сывороткой плазмы ревакцинированных)
– пропорционально большую активность гомологичных антител
Для разных серотипов возможность коинфекции/суперинфекции представляет опасность с точки зрения рекомбинации генетического материала.
Формально омикрон-вариант пока что нельзя выделить в новый серотип, однако ситуация представляется крайне непростой.
1. https://t.me/vaccines_truth/41
2. https://t.me/healthpravda/899
Внимательно изучив данные по нейтрализации ЦПД омикрон-варианта [1], мы обратили внимание на возможность отделения омикрон-варианта в отдельный серотип (такие предположения уже делались [2]).
В настоящее время об этом рано говорить определённо, нужно показать следующее:
– существенное падение нейтрализации ЦПД омикрон-варианта сывороткой плазмы вакцинированных/реконвалесцентов (выполнено как минимум частично, однако нейтрализация всё ещё остаётся значительной с сывороткой плазмы ревакцинированных)
– пропорционально большую активность гомологичных антител
Для разных серотипов возможность коинфекции/суперинфекции представляет опасность с точки зрения рекомбинации генетического материала.
Формально омикрон-вариант пока что нельзя выделить в новый серотип, однако ситуация представляется крайне непростой.
1. https://t.me/vaccines_truth/41
2. https://t.me/healthpravda/899
Возражения Анче Барановой
Профессор Анча Баранова опубликовала пост [1] о перспективах иммунопрофилактики и лечения омикрон-варианта SARS-CoV-2. Нам бы хотелось разобрать некоторые утверждения
Слайд 2: BioNTech Comirnaty и Moderna Spikevax сохраняют больше остаточной активности, чем Janssen, AstraZeneca Vaxzevria и Спутник V. Так сказать нельзя. Как видим, сыворотки иммунизированных Спутником изначально обладали низкой активностью, и здесь, скорее, вопрос репрезентативности этих выборок [2], о чём Анча Баранова и говорила на своём стриме [3].
Слайд 3: Важен не тип вакцины, а количество антител в BAU. Так опять же сказать нельзя, например, падение эффективности инактивированных вакцин (Sinopharm и Sinovac, Ковивак вакциной назвать нельзя) в отношении предотвращения тяжёлого заболевания может быть более существенным, чем у векторных и мРНК, именно за счёт отсутствия/крайне слабого T-клеточного цитотоксического ответа. Также мы ориентировались бы на давность вакцинации (наиболее реалистичными выглядят сроки ревакцинации 4-5 месяцев, а не 6).
Слайд 5: Антитела к RBD больше не имеют значения. Мы можем так сказать только про конкретные моноклональные антитела, но не про любые антитела к RBD в целом.
Слайд 7: Терапия рекомбинантным ангиотензинпревращающим ферментом (АПФ2, ACE2) никогда не показывала никакой эффективности in vivo, хотя статьи о попытках создания такой терапии появлялись как в 2020, так и в 2021 [4] годах. Попытки применения препаратов такого рода (ингибиторов слияния) были предприняты в отношении ВИЧ, но успех был сомнителен.
Мы призываем к особо тщательному выбору формулировок высказываний. Также мы с крайним скепсисом относимся к йота-каррагинану, поскольку за ним не стоит никакой серьёзной доказательной базы in vivo.
1. https://t.me/anchabaranova/208
2. https://t.me/vaccines_truth/40
3. https://www.youtube.com/watch?v=1B68mdYh5Lw
4. Liang Guo et al, Engineered trimeric ACE2 binds viral spike protein and locks it in “Three-up” conformation to potently inhibit SARS-CoV-2 infection, https://www.nature.com/articles/s41422-020-00438-w
Профессор Анча Баранова опубликовала пост [1] о перспективах иммунопрофилактики и лечения омикрон-варианта SARS-CoV-2. Нам бы хотелось разобрать некоторые утверждения
Слайд 2: BioNTech Comirnaty и Moderna Spikevax сохраняют больше остаточной активности, чем Janssen, AstraZeneca Vaxzevria и Спутник V. Так сказать нельзя. Как видим, сыворотки иммунизированных Спутником изначально обладали низкой активностью, и здесь, скорее, вопрос репрезентативности этих выборок [2], о чём Анча Баранова и говорила на своём стриме [3].
Слайд 3: Важен не тип вакцины, а количество антител в BAU. Так опять же сказать нельзя, например, падение эффективности инактивированных вакцин (Sinopharm и Sinovac, Ковивак вакциной назвать нельзя) в отношении предотвращения тяжёлого заболевания может быть более существенным, чем у векторных и мРНК, именно за счёт отсутствия/крайне слабого T-клеточного цитотоксического ответа. Также мы ориентировались бы на давность вакцинации (наиболее реалистичными выглядят сроки ревакцинации 4-5 месяцев, а не 6).
Слайд 5: Антитела к RBD больше не имеют значения. Мы можем так сказать только про конкретные моноклональные антитела, но не про любые антитела к RBD в целом.
Слайд 7: Терапия рекомбинантным ангиотензинпревращающим ферментом (АПФ2, ACE2) никогда не показывала никакой эффективности in vivo, хотя статьи о попытках создания такой терапии появлялись как в 2020, так и в 2021 [4] годах. Попытки применения препаратов такого рода (ингибиторов слияния) были предприняты в отношении ВИЧ, но успех был сомнителен.
Мы призываем к особо тщательному выбору формулировок высказываний. Также мы с крайним скепсисом относимся к йота-каррагинану, поскольку за ним не стоит никакой серьёзной доказательной базы in vivo.
1. https://t.me/anchabaranova/208
2. https://t.me/vaccines_truth/40
3. https://www.youtube.com/watch?v=1B68mdYh5Lw
4. Liang Guo et al, Engineered trimeric ACE2 binds viral spike protein and locks it in “Three-up” conformation to potently inhibit SARS-CoV-2 infection, https://www.nature.com/articles/s41422-020-00438-w
Опубликованная Росстатом статистика за ноябрь 2021 года [1] показывает, что прогнозы по избыточной смертности были верны. Если свести данные за 2015-2019 годы, то построенный линейный тренд покажет следующие прогнозируемые значения смертности:
2015 – 147626
2016 – 156836
2017 – 145248
2018 – 143519
2019 – 141331
2020 – 139139 (прогноз) / 219872 (реальное значение)
2021 – 136549 (прогноз) / 257292 (реальное значение)
Таким образом, избыточная смертность составила 80733 человека в ноябре 2020 года и 120743 человека в ноябре 2021 года.
Указанное значение 87527 ковид-ассоциированных смертей, которое находится гораздо ближе к реальности по сравнению с цифрами Оперштаба, всё равно говорит о недоучёте 27,5%.
Смерть 0,1% населения страны от ковида за 1 месяц, несомненно, является катастрофой.
1. https://rosstat.gov.ru/storage/mediabank/2021_edn11.htm
2015 – 147626
2016 – 156836
2017 – 145248
2018 – 143519
2019 – 141331
2020 – 139139 (прогноз) / 219872 (реальное значение)
2021 – 136549 (прогноз) / 257292 (реальное значение)
Таким образом, избыточная смертность составила 80733 человека в ноябре 2020 года и 120743 человека в ноябре 2021 года.
Указанное значение 87527 ковид-ассоциированных смертей, которое находится гораздо ближе к реальности по сравнению с цифрами Оперштаба, всё равно говорит о недоучёте 27,5%.
Смерть 0,1% населения страны от ковида за 1 месяц, несомненно, является катастрофой.
1. https://rosstat.gov.ru/storage/mediabank/2021_edn11.htm
С новым годом!
Бактерии, агар.
Источник: https://www.glendale.edu/academics/academic-divisions/biology/biology-undergraduate-research-collaborative/agar-bacterial-art
Бактерии, агар.
Источник: https://www.glendale.edu/academics/academic-divisions/biology/biology-undergraduate-research-collaborative/agar-bacterial-art
Сравнение вакцин.png
685.1 KB
Попробовали сделать простую инфографику о вакцинах
В прошлом году мы опубликовали разбор интервью Жолобак в четырёх частях. Кажется, сейчас нам удалось разобраться с telegraph и собрать этот разбор в одну статью:
https://telegra.ph/Razbor-intervyu-ZHolobak-01-23
https://telegra.ph/Razbor-intervyu-ZHolobak-01-23
Telegraph
Разбор интервью Жолобак
Нас попросили прокомментировать интервью Жолобак «Это не панацея, а моделирование вирусного инфекционного процесса» [1]. Мы использовали уже имевшийся разбор статьи Жолобак в чате сомнений системы V1V2 [2] с разрешения автора. Итак, по словам Жолобак,
Вакцина «Конвасэл» СПбВНИИС ФМБА
Согласно данным, предоставленным СПбВНИИС, вакцина «Конвасэл» содержит рекомбинантный N-белок вируса SARS-CoV-2, полученный в E.coli, и рассчитана на получение T-клеточного иммунитета [1].
Иммуногенность Конвасэла определялась по сероконверсии испытуемых (IgG к N-белку) и наличию активированных CD4+ T-клеток. Проверка наличия CD4+ является в данном случае абслютно лишней: если есть IgG к N, то CD4+ клетки (T-хелперы) существуют. Однако это свидетельствует лишь о наличии гуморального ответа, а вовсе не T-клеточного цитотоксического [2]. Гуморальный ответ к N-белку не может связывать и нейтрализовать вирионы: N-белок находится внутри вириона и недоступен для антител. Т-хелперы непосредственно задействованы в формировании гуморального ответа – они активируют B-клетки. T-клеточный цитотоксический ответ реализуется посредством T-киллеров и в случае вакцины Конвасэл, очевидно, не наблюдался.
Также заявляется [1], что СПбВНИИС наблюдали антителозависимую цитотоксичность. Это заявление звучит как минимум странно: нуклеокапсидный белок не является мембранным, что является необходимым условием для реализации этого механизма защиты.
На данный момент можно с высокой вероятностью заявить, что эффективность этого кандидата в вакцины будет равна нулю.
1. https://spbniivs.ru/press-center/news/fmba-rossii-podalo-zayavlenie-v-minzdrav-rossii-na-gosudarstvennuyu-registratsiyu-vaktsiny-konvasel/
2. https://t.me/vaccines_truth/4
Согласно данным, предоставленным СПбВНИИС, вакцина «Конвасэл» содержит рекомбинантный N-белок вируса SARS-CoV-2, полученный в E.coli, и рассчитана на получение T-клеточного иммунитета [1].
Иммуногенность Конвасэла определялась по сероконверсии испытуемых (IgG к N-белку) и наличию активированных CD4+ T-клеток. Проверка наличия CD4+ является в данном случае абслютно лишней: если есть IgG к N, то CD4+ клетки (T-хелперы) существуют. Однако это свидетельствует лишь о наличии гуморального ответа, а вовсе не T-клеточного цитотоксического [2]. Гуморальный ответ к N-белку не может связывать и нейтрализовать вирионы: N-белок находится внутри вириона и недоступен для антител. Т-хелперы непосредственно задействованы в формировании гуморального ответа – они активируют B-клетки. T-клеточный цитотоксический ответ реализуется посредством T-киллеров и в случае вакцины Конвасэл, очевидно, не наблюдался.
Также заявляется [1], что СПбВНИИС наблюдали антителозависимую цитотоксичность. Это заявление звучит как минимум странно: нуклеокапсидный белок не является мембранным, что является необходимым условием для реализации этого механизма защиты.
На данный момент можно с высокой вероятностью заявить, что эффективность этого кандидата в вакцины будет равна нулю.
1. https://spbniivs.ru/press-center/news/fmba-rossii-podalo-zayavlenie-v-minzdrav-rossii-na-gosudarstvennuyu-registratsiyu-vaktsiny-konvasel/
2. https://t.me/vaccines_truth/4
Смертность, итоги 2020-2021 годов
Избыточная смертность в России за 2020-2021 годы составила 1.066.191 человек. Большей части этих смертей можно было бы избежать.
https://telegra.ph/Smertnost-itogi-2020-2021-godov-01-29
Избыточная смертность в России за 2020-2021 годы составила 1.066.191 человек. Большей части этих смертей можно было бы избежать.
https://telegra.ph/Smertnost-itogi-2020-2021-godov-01-29
Telegraph
Смертность, итоги 2020-2021 годов
Правда о прививках Росстат опубликовал статистику за декабрь 2021 года [1]. Если взять все доступные данные по смертности (начиная с 2015 года) и посчитать (учитывая сезонность) помесячный тренд смертности методом наименьших квадратов, мы можем посчитать…
Вакцинация подростков и детей: Moderna Spikevax, Спутник М
Начинаются исследования вакцин для возрастной группы 6-11 лет
https://telegra.ph/Vakcinaciya-podrostkov-i-detej-Moderna-Spikevax-Sputnik-M-02-01
Начинаются исследования вакцин для возрастной группы 6-11 лет
https://telegra.ph/Vakcinaciya-podrostkov-i-detej-Moderna-Spikevax-Sputnik-M-02-01
Telegraph
Вакцинация подростков и детей: Moderna Spikevax, Спутник М
Исследование [1], показывающее нейтрализацию после вакцинации Moderna mRNA-1273 (Spikevax) у подростков и детей в сравнении со взрослыми. 3 группы: 18+, 12-17, 6-11 лет, показано наличие нейтрализации как D614G (одного из корневых вариантов, начавшего доминировать…
Вакцинация подростков Спутником М: нежелательные явления умеренны
Мы проанализировали первые 47 отчётов о вакцинации подростков Спутником М из чата народных отчётов системы V1V2
https://telegra.ph/Vakcinaciya-podrostkov-Sputnikom-M-nezhelatelnye-yavleniya-umerenny-02-01
Мы проанализировали первые 47 отчётов о вакцинации подростков Спутником М из чата народных отчётов системы V1V2
https://telegra.ph/Vakcinaciya-podrostkov-Sputnikom-M-nezhelatelnye-yavleniya-umerenny-02-01
Telegraph
Вакцинация подростков Спутником М: нежелательные явления умеренны
Мы проанализировали первые 47 отчётов о вакцинации подростков Спутником М из чата народных отчётов системы V1V2 [1]. Разумеется, эти данные можно считать исключительно предварительными, и, без сомнения, V1V2 проведут собственное исследование, но нам бы хотелось…
Структура биополимеров: N- и C-концы пептидов
Немного о том, что обозначают NTD и CTD в структуре белка.
https://telegra.ph/Struktura-biopolimerov-N--i-C-koncy-peptidov-02-03
Немного о том, что обозначают NTD и CTD в структуре белка.
https://telegra.ph/Struktura-biopolimerov-N--i-C-koncy-peptidov-02-03
Telegraph
Структура биополимеров: N- и C-концы пептидов
Как нам известно, белки состоят из аминокислот, а точнее, из 20 конкретных аминокислот. Каждая аминокислота состоит из аминогруппы (N-группы) -NH2, карбоксильной группы (C-группы) -COOH и радикала R, отличающегося для каждой из аминокислот. N-группа, C-группа…
Вакцинация подростков продолжается, и количество отчётов [1] о вакцинации Спутником М увеличилось на 50%. Мы обновили нашу инфографику по нежелательным явлениям с учётом старых данных и новых отчётов.
[1] https://t.me/Sputnik_results
[1] https://t.me/Sputnik_results
Некоторые комментарии к диагностике при подозрении на инфекцию COVID-19
С начала пандемии COVID-19 возник вопрос о дифференциальной диагностике этого заболевания. В связи с отсутствием наборов для тестирования (ПЦР) диагноз мог ставиться по картине интерстициальной пневмонии по КТ, что, в связи с широким распространением заболевания, почти всегда свидетельствовало в пользу COVID-19, однако оставался ряд исключений: например, пневмоцистная пневмония, характерная для иммунокомпрометированных пациентов (в основном ВИЧ+) даёт схожую картину («матовое стекло»).
С появлением тест-наборов ситуация должна была бы улучшиться, однако, в связи с высокой нагрузкой тест-центров, вызванной в том числе провалом стратегии борьбы с пандемией в отдельно взятых странах [1], ошибками при заборе и хранении образцов и другими факторами не всегда точный диагноз становится известен.
Здесь мы рассмотрим один кейс, описанный Андреем Кочетковым из присланных ему документов.
Пациентка 34 лет обратилась с жалобами на осиплость голоса, лающий кашель («тюлений лай») и фебрильную температуру (39ºC). Проведённое обследование показало:
ПЦР SARS-CoV-2 отрицательно
СОЭ 36
T 38,4ºC
SpO2 97%
КТ лёгких без признаков очаговых и инфильтративных изменений
Все остальные показатели в норме.
Назначены парацетамол/амоксиклав. Сбить температуру удаётся только аспирин/анальгин. Улучшения не наблюдается, консультация пульмонолога результатов не приносит. Предполагаются постковидные проявления.
В итоге ответ даёт серология: IgM к Bordetella pertussis выше референса, IgG чуть ниже референса, диагноз – коклюш.
В России в национальный календарь профилактических прививок [2] входит ревакцинация против дифтерии и столбняка каждые 10 лет (вакцина АДС-М [3]) без коклюшного компонента, присутствующего в вакцине Адасель [4] и некоторых других. Соответственно взрослые оказываются незащищёнными против этого чрезвычайно опасного заболевания.
Коклюш наиболее опасен для детей до 2 лет, однако это не значит, что он не опасен для взрослых: напряжённость иммунитета со временем падает, и в отсутствие ревакцинации коклюш может привести к тяжёлым последствиям, включающим в себя пневмоторакс, энцефалопатию как результат гипоксии, сломанные в результате кашля рёбра и многое другое [5].
Масштабы распространения коклюша среди взрослых могут быть достаточно велики в силу недостаточной диагностики этого заболевания (например, в качестве диагноза может фигурировать хронический бронхит).
Со своей стороны мы призываем включить вакцинацию от коклюша в национальный календарь прививок. Пока этого не произошло, мы бы рекомендовали делать индивидуальный выбор в пользу вакцины, включающей в себя коклюшный компонент.
1. Правда о прививках, Смертность, итоги 2020-2021 годов, https://telegra.ph/Smertnost-itogi-2020-2021-godov-01-29
2. Национальный календарь профилактических прививок, https://minzdrav.gov.ru/opendata/7707778246-natskalendarprofilakprivivok2015/visual
3. ViDAL, Анатоксин дифтерийно-столбнячный очищенный адсорбированный с уменьшенным содержанием антигенов жидкий (АДС-М анатоксин) (Anatoxinum diphthericotetanicum purificatum adsorptum fluidum (ADT-anatoxinum)), https://www.vidal.ru/drugs/anatoxinum_diphthericotetanicum_purificatum_adsorptum_fluidum_adt-anatoxinum___18929
4. ViDAL, Адасель® (Adacel) инструкция по применению, https://www.vidal.ru/drugs/adacel
5. CDC, Pertussis (Whooping cough): Clinical Complications, https://www.cdc.gov/pertussis/clinical/complications.html
С начала пандемии COVID-19 возник вопрос о дифференциальной диагностике этого заболевания. В связи с отсутствием наборов для тестирования (ПЦР) диагноз мог ставиться по картине интерстициальной пневмонии по КТ, что, в связи с широким распространением заболевания, почти всегда свидетельствовало в пользу COVID-19, однако оставался ряд исключений: например, пневмоцистная пневмония, характерная для иммунокомпрометированных пациентов (в основном ВИЧ+) даёт схожую картину («матовое стекло»).
С появлением тест-наборов ситуация должна была бы улучшиться, однако, в связи с высокой нагрузкой тест-центров, вызванной в том числе провалом стратегии борьбы с пандемией в отдельно взятых странах [1], ошибками при заборе и хранении образцов и другими факторами не всегда точный диагноз становится известен.
Здесь мы рассмотрим один кейс, описанный Андреем Кочетковым из присланных ему документов.
Пациентка 34 лет обратилась с жалобами на осиплость голоса, лающий кашель («тюлений лай») и фебрильную температуру (39ºC). Проведённое обследование показало:
ПЦР SARS-CoV-2 отрицательно
СОЭ 36
T 38,4ºC
SpO2 97%
КТ лёгких без признаков очаговых и инфильтративных изменений
Все остальные показатели в норме.
Назначены парацетамол/амоксиклав. Сбить температуру удаётся только аспирин/анальгин. Улучшения не наблюдается, консультация пульмонолога результатов не приносит. Предполагаются постковидные проявления.
В итоге ответ даёт серология: IgM к Bordetella pertussis выше референса, IgG чуть ниже референса, диагноз – коклюш.
В России в национальный календарь профилактических прививок [2] входит ревакцинация против дифтерии и столбняка каждые 10 лет (вакцина АДС-М [3]) без коклюшного компонента, присутствующего в вакцине Адасель [4] и некоторых других. Соответственно взрослые оказываются незащищёнными против этого чрезвычайно опасного заболевания.
Коклюш наиболее опасен для детей до 2 лет, однако это не значит, что он не опасен для взрослых: напряжённость иммунитета со временем падает, и в отсутствие ревакцинации коклюш может привести к тяжёлым последствиям, включающим в себя пневмоторакс, энцефалопатию как результат гипоксии, сломанные в результате кашля рёбра и многое другое [5].
Масштабы распространения коклюша среди взрослых могут быть достаточно велики в силу недостаточной диагностики этого заболевания (например, в качестве диагноза может фигурировать хронический бронхит).
Со своей стороны мы призываем включить вакцинацию от коклюша в национальный календарь прививок. Пока этого не произошло, мы бы рекомендовали делать индивидуальный выбор в пользу вакцины, включающей в себя коклюшный компонент.
1. Правда о прививках, Смертность, итоги 2020-2021 годов, https://telegra.ph/Smertnost-itogi-2020-2021-godov-01-29
2. Национальный календарь профилактических прививок, https://minzdrav.gov.ru/opendata/7707778246-natskalendarprofilakprivivok2015/visual
3. ViDAL, Анатоксин дифтерийно-столбнячный очищенный адсорбированный с уменьшенным содержанием антигенов жидкий (АДС-М анатоксин) (Anatoxinum diphthericotetanicum purificatum adsorptum fluidum (ADT-anatoxinum)), https://www.vidal.ru/drugs/anatoxinum_diphthericotetanicum_purificatum_adsorptum_fluidum_adt-anatoxinum___18929
4. ViDAL, Адасель® (Adacel) инструкция по применению, https://www.vidal.ru/drugs/adacel
5. CDC, Pertussis (Whooping cough): Clinical Complications, https://www.cdc.gov/pertussis/clinical/complications.html
Вакцинация подростков Спутником М: нежелательные явления по возрастнополовым группам
Разбивка по возрастнополовым группам не показывает статистически значимого отличия в частоте нежелательных явлений между ними.
В то же самое время Министерство здравоохранения РФ выдало разрешение на проведение 3 фазы КИ кандидата в вакцины «КовиВак» с участием детей.
https://telegra.ph/Vakcinaciya-podrostkov-Sputnikom-M-nezhelatelnye-yavleniya-po-vozrastnopolovym-gruppam-02-08
Разбивка по возрастнополовым группам не показывает статистически значимого отличия в частоте нежелательных явлений между ними.
В то же самое время Министерство здравоохранения РФ выдало разрешение на проведение 3 фазы КИ кандидата в вакцины «КовиВак» с участием детей.
https://telegra.ph/Vakcinaciya-podrostkov-Sputnikom-M-nezhelatelnye-yavleniya-po-vozrastnopolovym-gruppam-02-08
Telegraph
Вакцинация подростков Спутником М: нежелательные явления по возрастнополовым группам
Ранее мы проводили предварительную оценку наиболее частых нежелательных явлений после вакцинации подростков (12-17 лет) вакциной Гам-КОВИД-Вак-М (Спутник М) [1] на основе данных народных отчётов о вакцинации системы V1V2 [2]. Новые данные подтверждают наше…
Naruvax-C19: казахская субъединичная вакцина
Исследование, опубликованное в Nature [1], показало, что вакцина Naruvax-C19 способна защитить сирийских хомячков от инфекции SARS-CoV-2 (дикий тип, D614G) и предотвратить передачу вируса другим особям. С дельта-вариантом (B.1.617.2) защита тоже была показана, однако несколько хуже: нейтрализующая активность была в три раза ниже, полной защиты не было.
Важным пунктом данного исследования является то, что проверялись два альтернативных варианта вакцины (с одинаковым адъювантом): с полноразмерным шиповидным белком (rSpike) и с мономерным рецептор-связывающим доменом (rRBD).
Вариант вакцины, основанный на rRBD, обладал существенно худшими показателями защиты: после заражения модельных животных РНК вируса определялась в носоглотке, защита от передачи вируса присутствовала только в группе rSpike.
Чем именно определяются такие разультаты – низкой иммуногенностью rRBD в данной композиции либо же тем, что антитела к другим участкам S-белка играют существенную роль – не совсем ясно, однако существуют доводы в пользу второй гипотезы: так, в процессе народного исследования эффективности вакцин против дельта-варианта [2] обнаруживалась существенно лучшая корреляция с тестом Diasorin (S-белок), нежели чем с тестом Abbott (RBD).
Если другие участки S-белка (как субъединицы S1, например, NTD, так и субъединицы S2) действительно важны, то к потенциальной эффективности некоторых субъединичных вакцин-кандидатов (например, кубинской Abdala или российской Бетувакс-Ков [3]) могут возникнуть новые вопросы.
Несомненным плюсом исследования [1] является раздельное рассмотрение пролиферации CD4+ и CD8+ клеток (T-хелперов и T-киллеров соответственно) – то, что не было сделано для вакцины-кандидата Конвасэл [4].
К сожалению, результаты исследования на текущий момент несколько запоздали в связи с появлением омикрон-варианта, однако будем надеяться на продолжение исследований – на приматах, затем на людях, в том числе с омикрон-вариантом.
1. Kairat Tabytov et al, An adjuvanted subunit SARS-CoV-2 spike protein vaccine provides protection against Covid-19 infection and transmission, https://www.nature.com/articles/s41541-022-00450-8
2. Alena Makarova et al, Телеграм-КИ | Защитный титр для Delta, https://t.me/delta_self_research/25542
3. Правда о прививках, https://t.me/vaccines_truth/12
4. Правда о прививках, Вакцина «Конвасэл» СПбВНИИС ФМБА, https://t.me/vaccines_truth/51
Исследование, опубликованное в Nature [1], показало, что вакцина Naruvax-C19 способна защитить сирийских хомячков от инфекции SARS-CoV-2 (дикий тип, D614G) и предотвратить передачу вируса другим особям. С дельта-вариантом (B.1.617.2) защита тоже была показана, однако несколько хуже: нейтрализующая активность была в три раза ниже, полной защиты не было.
Важным пунктом данного исследования является то, что проверялись два альтернативных варианта вакцины (с одинаковым адъювантом): с полноразмерным шиповидным белком (rSpike) и с мономерным рецептор-связывающим доменом (rRBD).
Вариант вакцины, основанный на rRBD, обладал существенно худшими показателями защиты: после заражения модельных животных РНК вируса определялась в носоглотке, защита от передачи вируса присутствовала только в группе rSpike.
Чем именно определяются такие разультаты – низкой иммуногенностью rRBD в данной композиции либо же тем, что антитела к другим участкам S-белка играют существенную роль – не совсем ясно, однако существуют доводы в пользу второй гипотезы: так, в процессе народного исследования эффективности вакцин против дельта-варианта [2] обнаруживалась существенно лучшая корреляция с тестом Diasorin (S-белок), нежели чем с тестом Abbott (RBD).
Если другие участки S-белка (как субъединицы S1, например, NTD, так и субъединицы S2) действительно важны, то к потенциальной эффективности некоторых субъединичных вакцин-кандидатов (например, кубинской Abdala или российской Бетувакс-Ков [3]) могут возникнуть новые вопросы.
Несомненным плюсом исследования [1] является раздельное рассмотрение пролиферации CD4+ и CD8+ клеток (T-хелперов и T-киллеров соответственно) – то, что не было сделано для вакцины-кандидата Конвасэл [4].
К сожалению, результаты исследования на текущий момент несколько запоздали в связи с появлением омикрон-варианта, однако будем надеяться на продолжение исследований – на приматах, затем на людях, в том числе с омикрон-вариантом.
1. Kairat Tabytov et al, An adjuvanted subunit SARS-CoV-2 spike protein vaccine provides protection against Covid-19 infection and transmission, https://www.nature.com/articles/s41541-022-00450-8
2. Alena Makarova et al, Телеграм-КИ | Защитный титр для Delta, https://t.me/delta_self_research/25542
3. Правда о прививках, https://t.me/vaccines_truth/12
4. Правда о прививках, Вакцина «Конвасэл» СПбВНИИС ФМБА, https://t.me/vaccines_truth/51