Омикрон – новый серотип?

Внимательно изучив данные по нейтрализации ЦПД омикрон-варианта [1], мы обратили внимание на возможность отделения омикрон-варианта в отдельный серотип (такие предположения уже делались [2]).

В настоящее время об этом рано говорить определённо, нужно показать следующее:

– существенное падение нейтрализации ЦПД омикрон-варианта сывороткой плазмы вакцинированных/реконвалесцентов (выполнено как минимум частично, однако нейтрализация всё ещё остаётся значительной с сывороткой плазмы ревакцинированных)
– пропорционально большую активность гомологичных антител

Для разных серотипов возможность коинфекции/суперинфекции представляет опасность с точки зрения рекомбинации генетического материала.

Формально омикрон-вариант пока что нельзя выделить в новый серотип, однако ситуация представляется крайне непростой.

1. https://t.me/vaccines_truth/41
2. https://t.me/healthpravda/899

Возражения Анче Барановой

Профессор Анча Баранова опубликовала пост [1] о перспективах иммунопрофилактики и лечения омикрон-варианта SARS-CoV-2. Нам бы хотелось разобрать некоторые утверждения

Слайд 2: BioNTech Comirnaty и Moderna Spikevax сохраняют больше остаточной активности, чем Janssen, AstraZeneca Vaxzevria и Спутник V. Так сказать нельзя. Как видим, сыворотки иммунизированных Спутником изначально обладали низкой активностью, и здесь, скорее, вопрос репрезентативности этих выборок [2], о чём Анча Баранова и говорила на своём стриме [3].

Слайд 3: Важен не тип вакцины, а количество антител в BAU. Так опять же сказать нельзя, например, падение эффективности инактивированных вакцин (Sinopharm и Sinovac, Ковивак вакциной назвать нельзя) в отношении предотвращения тяжёлого заболевания может быть более существенным, чем у векторных и мРНК, именно за счёт отсутствия/крайне слабого T-клеточного цитотоксического ответа. Также мы ориентировались бы на давность вакцинации (наиболее реалистичными выглядят сроки ревакцинации 4-5 месяцев, а не 6).

Слайд 5: Антитела к RBD больше не имеют значения. Мы можем так сказать только про конкретные моноклональные антитела, но не про любые антитела к RBD в целом.

Слайд 7: Терапия рекомбинантным ангиотензинпревращающим ферментом (АПФ2, ACE2) никогда не показывала никакой эффективности in vivo, хотя статьи о попытках создания такой терапии появлялись как в 2020, так и в 2021 [4] годах. Попытки применения препаратов такого рода (ингибиторов слияния) были предприняты в отношении ВИЧ, но успех был сомнителен.

Мы призываем к особо тщательному выбору формулировок высказываний. Также мы с крайним скепсисом относимся к йота-каррагинану, поскольку за ним не стоит никакой серьёзной доказательной базы in vivo.

1. https://t.me/anchabaranova/208
2. https://t.me/vaccines_truth/40
3. https://www.youtube.com/watch?v=1B68mdYh5Lw
4. Liang Guo et al, Engineered trimeric ACE2 binds viral spike protein and locks it in “Three-up” conformation to potently inhibit SARS-CoV-2 infection, https://www.nature.com/articles/s41422-020-00438-w

Опубликованная Росстатом статистика за ноябрь 2021 года [1] показывает, что прогнозы по избыточной смертности были верны. Если свести данные за 2015-2019 годы, то построенный линейный тренд покажет следующие прогнозируемые значения смертности:

2015 – 147626
2016 – 156836
2017 – 145248
2018 – 143519
2019 – 141331
2020 – 139139 (прогноз) / 219872 (реальное значение)
2021 – 136549 (прогноз) / 257292 (реальное значение)

Таким образом, избыточная смертность составила 80733 человека в ноябре 2020 года и 120743 человека в ноябре 2021 года.

Указанное значение 87527 ковид-ассоциированных смертей, которое находится гораздо ближе к реальности по сравнению с цифрами Оперштаба, всё равно говорит о недоучёте 27,5%.

Смерть 0,1% населения страны от ковида за 1 месяц, несомненно, является катастрофой.

1. https://rosstat.gov.ru/storage/mediabank/2021_edn11.htm

С новым годом!

Бактерии, агар.
Источник: https://www.glendale.edu/academics/academic-divisions/biology/biology-undergraduate-research-collaborative/agar-bacterial-art

Попробовали сделать простую инфографику о вакцинах

В прошлом году мы опубликовали разбор интервью Жолобак в четырёх частях. Кажется, сейчас нам удалось разобраться с telegraph и собрать этот разбор в одну статью:

https://telegra.ph/Razbor-intervyu-ZHolobak-01-23

Вакцина «Конвасэл» СПбВНИИС ФМБА

Согласно данным, предоставленным СПбВНИИС, вакцина «Конвасэл» содержит рекомбинантный N-белок вируса SARS-CoV-2, полученный в E.coli, и рассчитана на получение T-клеточного иммунитета [1].

Иммуногенность Конвасэла определялась по сероконверсии испытуемых (IgG к N-белку) и наличию активированных CD4+ T-клеток. Проверка наличия CD4+ является в данном случае абслютно лишней: если есть IgG к N, то CD4+ клетки (T-хелперы) существуют. Однако это свидетельствует лишь о наличии гуморального ответа, а вовсе не T-клеточного цитотоксического [2]. Гуморальный ответ к N-белку не может связывать и нейтрализовать вирионы: N-белок находится внутри вириона и недоступен для антител. Т-хелперы непосредственно задействованы в формировании гуморального ответа – они активируют B-клетки. T-клеточный цитотоксический ответ реализуется посредством T-киллеров и в случае вакцины Конвасэл, очевидно, не наблюдался.

Также заявляется [1], что СПбВНИИС наблюдали антителозависимую цитотоксичность. Это заявление звучит как минимум странно: нуклеокапсидный белок не является мембранным, что является необходимым условием для реализации этого механизма защиты.

На данный момент можно с высокой вероятностью заявить, что эффективность этого кандидата в вакцины будет равна нулю.

1. https://spbniivs.ru/press-center/news/fmba-rossii-podalo-zayavlenie-v-minzdrav-rossii-na-gosudarstvennuyu-registratsiyu-vaktsiny-konvasel/
2. https://t.me/vaccines_truth/4

Смертность, итоги 2020-2021 годов

Избыточная смертность в России за 2020-2021 годы составила 1.066.191 человек. Большей части этих смертей можно было бы избежать.

https://telegra.ph/Smertnost-itogi-2020-2021-godov-01-29

Вакцинация подростков и детей: Moderna Spikevax, Спутник М

Начинаются исследования вакцин для возрастной группы 6-11 лет

https://telegra.ph/Vakcinaciya-podrostkov-i-detej-Moderna-Spikevax-Sputnik-M-02-01

Вакцинация подростков Спутником М: нежелательные явления умеренны

Мы проанализировали первые 47 отчётов о вакцинации подростков Спутником М из чата народных отчётов системы V1V2

https://telegra.ph/Vakcinaciya-podrostkov-Sputnikom-M-nezhelatelnye-yavleniya-umerenny-02-01

Структура биополимеров: N- и C-концы пептидов

Немного о том, что обозначают NTD и CTD в структуре белка.

https://telegra.ph/Struktura-biopolimerov-N--i-C-koncy-peptidov-02-03

Вакцинация подростков продолжается, и количество отчётов [1] о вакцинации Спутником М увеличилось на 50%. Мы обновили нашу инфографику по нежелательным явлениям с учётом старых данных и новых отчётов.

[1] https://t.me/Sputnik_results

Некоторые комментарии к диагностике при подозрении на инфекцию COVID-19

С начала пандемии COVID-19 возник вопрос о дифференциальной диагностике этого заболевания. В связи с отсутствием наборов для тестирования (ПЦР) диагноз мог ставиться по картине интерстициальной пневмонии по КТ, что, в связи с широким распространением заболевания, почти всегда свидетельствовало в пользу COVID-19, однако оставался ряд исключений: например, пневмоцистная пневмония, характерная для иммунокомпрометированных пациентов (в основном ВИЧ+) даёт схожую картину («матовое стекло»).

С появлением тест-наборов ситуация должна была бы улучшиться, однако, в связи с высокой нагрузкой тест-центров, вызванной в том числе провалом стратегии борьбы с пандемией в отдельно взятых странах [1], ошибками при заборе и хранении образцов и другими факторами не всегда точный диагноз становится известен.

Здесь мы рассмотрим один кейс, описанный Андреем Кочетковым из присланных ему документов.

Пациентка 34 лет обратилась с жалобами на осиплость голоса, лающий кашель («тюлений лай») и фебрильную температуру (39ºC). Проведённое обследование показало:
ПЦР SARS-CoV-2 отрицательно
СОЭ 36
T 38,4ºC
SpO2 97%
КТ лёгких без признаков очаговых и инфильтративных изменений
Все остальные показатели в норме.

Назначены парацетамол/амоксиклав. Сбить температуру удаётся только аспирин/анальгин. Улучшения не наблюдается, консультация пульмонолога результатов не приносит. Предполагаются постковидные проявления.

В итоге ответ даёт серология: IgM к Bordetella pertussis выше референса, IgG чуть ниже референса, диагноз – коклюш.

В России в национальный календарь профилактических прививок [2] входит ревакцинация против дифтерии и столбняка каждые 10 лет (вакцина АДС-М [3]) без коклюшного компонента, присутствующего в вакцине Адасель [4] и некоторых других. Соответственно взрослые оказываются незащищёнными против этого чрезвычайно опасного заболевания.

Коклюш наиболее опасен для детей до 2 лет, однако это не значит, что он не опасен для взрослых: напряжённость иммунитета со временем падает, и в отсутствие ревакцинации коклюш может привести к тяжёлым последствиям, включающим в себя пневмоторакс, энцефалопатию как результат гипоксии, сломанные в результате кашля рёбра и многое другое [5].

Масштабы распространения коклюша среди взрослых могут быть достаточно велики в силу недостаточной диагностики этого заболевания (например, в качестве диагноза может фигурировать хронический бронхит).

Со своей стороны мы призываем включить вакцинацию от коклюша в национальный календарь прививок. Пока этого не произошло, мы бы рекомендовали делать индивидуальный выбор в пользу вакцины, включающей в себя коклюшный компонент.

1. Правда о прививках, Смертность, итоги 2020-2021 годов, https://telegra.ph/Smertnost-itogi-2020-2021-godov-01-29
2. Национальный календарь профилактических прививок, https://minzdrav.gov.ru/opendata/7707778246-natskalendarprofilakprivivok2015/visual
3. ViDAL, Анатоксин дифтерийно-столбнячный очищенный адсорбированный с уменьшенным содержанием антигенов жидкий (АДС-М анатоксин) (Anatoxinum diphthericotetanicum purificatum adsorptum fluidum (ADT-anatoxinum)), https://www.vidal.ru/drugs/anatoxinum_diphthericotetanicum_purificatum_adsorptum_fluidum_adt-anatoxinum___18929
4. ViDAL, Адасель® (Adacel) инструкция по применению, https://www.vidal.ru/drugs/adacel
5. CDC, Pertussis (Whooping cough): Clinical Complications, https://www.cdc.gov/pertussis/clinical/complications.html

Вакцинация подростков Спутником М: нежелательные явления по возрастнополовым группам

Разбивка по возрастнополовым группам не показывает статистически значимого отличия в частоте нежелательных явлений между ними.

В то же самое время Министерство здравоохранения РФ выдало разрешение на проведение 3 фазы КИ кандидата в вакцины «КовиВак» с участием детей.

https://telegra.ph/Vakcinaciya-podrostkov-Sputnikom-M-nezhelatelnye-yavleniya-po-vozrastnopolovym-gruppam-02-08

Naruvax-C19: казахская субъединичная вакцина

Исследование, опубликованное в Nature [1], показало, что вакцина Naruvax-C19 способна защитить сирийских хомячков от инфекции SARS-CoV-2 (дикий тип, D614G) и предотвратить передачу вируса другим особям. С дельта-вариантом (B.1.617.2) защита тоже была показана, однако несколько хуже: нейтрализующая активность была в три раза ниже, полной защиты не было.

Важным пунктом данного исследования является то, что проверялись два альтернативных варианта вакцины (с одинаковым адъювантом): с полноразмерным шиповидным белком (rSpike) и с мономерным рецептор-связывающим доменом (rRBD).

Вариант вакцины, основанный на rRBD, обладал существенно худшими показателями защиты: после заражения модельных животных РНК вируса определялась в носоглотке, защита от передачи вируса присутствовала только в группе rSpike.

Чем именно определяются такие разультаты – низкой иммуногенностью rRBD в данной композиции либо же тем, что антитела к другим участкам S-белка играют существенную роль – не совсем ясно, однако существуют доводы в пользу второй гипотезы: так, в процессе народного исследования эффективности вакцин против дельта-варианта [2] обнаруживалась существенно лучшая корреляция с тестом Diasorin (S-белок), нежели чем с тестом Abbott (RBD).

Если другие участки S-белка (как субъединицы S1, например, NTD, так и субъединицы S2) действительно важны, то к потенциальной эффективности некоторых субъединичных вакцин-кандидатов (например, кубинской Abdala или российской Бетувакс-Ков [3]) могут возникнуть новые вопросы.

Несомненным плюсом исследования [1] является раздельное рассмотрение пролиферации CD4+ и CD8+ клеток (T-хелперов и T-киллеров соответственно) – то, что не было сделано для вакцины-кандидата Конвасэл [4].

К сожалению, результаты исследования на текущий момент несколько запоздали в связи с появлением омикрон-варианта, однако будем надеяться на продолжение исследований – на приматах, затем на людях, в том числе с омикрон-вариантом.

1. Kairat Tabytov et al, An adjuvanted subunit SARS-CoV-2 spike protein vaccine provides protection against Covid-19 infection and transmission, https://www.nature.com/articles/s41541-022-00450-8
2. Alena Makarova et al, Телеграм-КИ | Защитный титр для Delta, https://t.me/delta_self_research/25542
3. Правда о прививках, https://t.me/vaccines_truth/12
4. Правда о прививках, Вакцина «Конвасэл» СПбВНИИС ФМБА, https://t.me/vaccines_truth/51

Analysis of common side effects of Gam-COVID-Vac-M vaccine

As of March 6, 2022, a total of 123 reports have been processed. Assuming that at least 2 reports for each of the side effects are needed, we found the most common side effects (≥1:21, CI95%, arcsin method).

https://telegra.ph/Analysis-of-common-side-effects-of-Gam-COVID-Vac-M-vaccine-03-06

The Russian federal state statistics service (‘Rosstat’) published vital statistics for January 2022 [1]. Excess mortality for the given dates calculated (using least squares) to be 29464.

https://telegra.ph/Excess-mortality-in-Russia-linear-regression-using-least-squares-03-06

Moderna: вакцины от простуды

Moderna начала разработку двух вакцин-кандидатов, mRNA-1230 и mRNA-1287 [1].

mRNA-1230 предназначена для ежегодного использования в качестве бустера против SARS-CoV-2, гриппа и респираторно-синцитиального вируса (RSV). RSV ответственен за большинство случаев инфекций нижних дыхательных путей у младенцев и детей, однако он также представляет серьёзную опасность для пожилых, а также для взрослых с сопутствующими хроническими заболеваниями сердца и/или лёгких (госпитализации с пневмонией, хроническим неспецифическим заболеванием лёгких, застойной сердечной недостаточностью, астмой) [2]. В отношении госпитализации [2], а также в отношении летальности госпитализированных [3] он сравним с сезонным гриппом. В случае удачи mRNA-1230 будет защищать от самых важных с эпидемиологической точки зрения ОРВИ.

mRNA-1287 предназначена для защиты от четырёх эндемичных коронавирусов (HCoV-229E, -NL63, -OC43 и -HKU1). Следует отметить, что между заражением HCoV-229E и болезнью Кавасаки может существовать причинно-следственная связь [4], а в целом коронавирусы до SARS-CoV-2 вызывали 20-30% простудных заболеваний [5], уступая только риновирусам. Учитывая безусловный успех разработки mRNA-1273 (Spikevax) против коронавируса SARS-CoV-2, следует ожидать, что и mRNA-1287, скорее всего, будет достаточно эффективной.

Таким образом, эти две потенциальные мРНК-вакцины могут открыть принципиально новые возможности в борьбе с ОРВИ.

[1] https://investors.modernatx.com/news/news-details/2022/Moderna-Announces-New-Development-Programs-Ahead-of-3rd-Annual-Vaccines-Day/default.aspx
[2] https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/15858184/
[3] https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/23876395/
[4] https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/jmv.23950
[5] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7252012/